花垣武道是个生活潦倒的打工仔,有天,他得知国中时交往的唯一一个女友橘日向,遭罪凶恶的恶党组织“东京卍会”杀害。得知事件的隔天,花垣武道在车站被某个人推落月台,就在他做好当场毙命的觉悟时,不知为何,睁眼后却发现自己穿越到了12年前。穿越时空回到人生顶峰——12年前初中时代。为了拯救女友,以及改变至今逃避一切的自己,武道决心来一场人生的绝地大反攻。调教室的惩罚,在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美配音)和葛城美里(三石琴乃配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验。