《穿过忧伤的花季》故事以贫瘠的山村和普通的乡镇中学为背景,讲述了一群花季少年留守乡村的故事。主人公星儿的父母到城里打工,她和奶奶在家相依为命。星儿的自行车丢了,她的同学陈军每天骑车载她上学,从此星儿不迟到了,两人的友情也变得深厚了。星儿的奶奶夜里突然生病,在陈军和同学们的帮助下,将奶奶送到医院。奶奶大病之后,请星儿的同学吃饭,却无意中发现星儿的同学向华萍怀孕了。向华萍和爷爷留守在家,爷爷重男轻女,对孙女的学业、成长都不很在意。华萍的朋友罗大勇是学校的小混混,一天晚上两人喝醉酒,犯了不该犯的错误。向华萍的妈妈只好带向华萍离开村庄,进城打工。星儿奶奶突发意外去世,星儿不得不离开学校和家乡,随父母进城去了。等待5秒进入,女孩小花(二阶堂富美饰)在大地震中失去了所有的亲人,救生员淳悟(浅野忠信饰)收留了无家可归的小花,没有血缘关系的两人组成了家庭。一晃眼多年过去,小花已经出落成为了亭亭玉立的少女,淳悟也有了女友(河井青叶饰),可是后者却发现,在淳悟和小花之间,一种古怪而又诡异的感情以无法遏制的速度暗自生长着。小花乖戾而又散发着少女甜美的气息,淳悟自闭在深刻漫长的孤独里沉沉浮浮,终于,原本应该只是单纯的家人的两人,突破了道德的界限,双双被淹没在欲望的冰海之中。小花和淳悟,如同共生的动物一样,靠着本能在黑暗里贪婪的存活着,直到有一天,两人的秘密被第三者发现。