电影《史前超人》讲述的是公元一万五千年前,高度文明的亚特兰蒂斯大陆被一场大海啸掀入海底,随后新的生命和文明再次在地球诞生。明朝末年,郑成功的副将唐文澜在大海中拾获装有亚特兰蒂斯王子的命运女神之匣,并将婴儿收养为义子,取名唐律。唐律生来便具有亚特兰蒂斯人的超能力,神的血脉让他的外貌始终维持在26岁的模样。为了寻找圣石的下落,唐律从欧洲回到2018年的中国,与身世神秘的屌丝女记者朱安安相识,朱安安无意中触发了引动圣石的媒介,令她也拥有了某些常人不具的异能,两人闹出各种匪夷所思的笑话。与此同时,国外某神秘机构的生化科学家、拥有黑暗力量的小矮人月见璃博士一直觊觎圣石,并不惜一切代价找寻与亚特兰蒂斯有关的事物,正邪大战一触即发。好色视频,反黑组警长肥沙(林雪饰),不慎丢失手枪。这件事非同小可,如果手枪被匪徒用去行凶,肥沙将大祸临头。PTU(警察机动部队)警官何文展(任达华饰)出于义气,答应一定会在天亮之前寻回手枪,带几名手下开展了寻枪行动。另一方面,却在横生枝节:警员Kat(邵美琪饰)死守纪律,坚持要将此事汇报上级处理;而在同一晚,CID的Madam张(黄卓玲饰)在接手一单黑社会谋杀案时,怀疑肥沙与黑社会有染,由此与PTU发生意见分歧。人与人,部门与部门之间的矛盾、争斗和角力,在夜幕中徐徐拉开。而第二天清早,揭晓的真相,原来都在他们的意料之外。